Z chwilą wybuchu II wojny światowej 1 września 1939 r. ks. Stefan Wyszyński znajdował się we Włocławku. Ówczesny biskup pomocniczy włocławski, obecnie błogosławiony, bp Michał Kozal. polecił mu opuścić to miasto. Przyszły Prymas ukrywał się początkowo u swojej siostry Anastazji w Warszawie, a później u ojca we Wrociszewie k. Warki. W połowie 1940 r. zmuszony był jednak szukać nowego miejsca schronienia.

Ks. Wyszyński został następnie kapelanem wspólnoty w Laskach, gdzie posługiwała niewidomym Matka Elżbieta Róża Czacka wraz z innymi siostrami i współpracownikami. Wobec ewakuacji pensjonariuszy ks. Wyszyński posługiwał im w Kozłówce na Lubelszczyźnie, który to majątek należał do Zamoyskich, oraz w Żułowie. Służył też opieką duszpasterską rodzinie Zamoyskich oraz jej otoczeniu.

W sierpniu 1941 r. ks. Wyszyński zmuszony był ponownie zmienić miejsce przebywania: tym razem udał się do klasztoru urszulanek na Jaszczurówce w Zakopanem, gdzie doszło do przypadkowego zatrzymania przyszłego Prymasa, który jednak nie został przez gestapo rozpoznany i zwolniono go.

Po pobycie w Żułowie ks. Wyszyński znalazł się znów w Laskach w połowie 1942 r. pod pseudonimem „Siostra Cecylia”. W tym czasie udzielał się w konspiracyjnej oświacie warszawskiej. W trakcie wykładów m.in. zachęcał do pomocy Żydom.

W latach 1943 i 1944 ks. Wyszyński był kapelanem podwarszawskich oddziałów AK. Działał pod pseudonimem „Radwan III”. Jak przypomniał Grzegorz Polak z Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego, „ks. Wyszyński, wraz z Matką Elżbietą Różą Czacką, był organizatorem szpitala powstańczego w budynkach przyklasztornych w Laskach. Decyzję o przyłączeniu się do powstania podjęła Matka. Ks. Wyszyński pytał ją trzy razy czy można narażać niewidomych. Ona odpowiadała, że to wyższa konieczność i trzeba pomagać”.

Postawa przyszłego Prymasa wymagała wielkiej odwagi, ponieważ towarzyszył żołnierzom w ostatnich chwilach ich życia. Był świadkiem wielu traumatycznych scen. Widział m.in. jak wynoszono kosze z amputowanymi kończynami. Tego nie zapomniał do końca życia. Był człowiekiem do wszystkiego. Chociaż już wtedy miał status księdza profesora, nie uchylał się od prozaicznych prac, choć jego podstawowym zadaniem była opieka duchowa. „Częstym widokiem w tamtych czasach było to, jak ks. Wyszyński błogosławił oddziałom powstańczym udającym się do walki” – podkreślił Grzegorz Polak.

Ks. Wyszyński niósł pomoc także żołnierzom wrogich oddziałów. Docenił to jeden z oficerów niemieckich, który po wojnie napisał list do Matki Czackiej z podziękowaniem za to, że Niemcy byli w szpitalu traktowani jak polscy pacjenci.

Czas II wojny światowej, w tym Powstania Warszawskiego, to okres stosunkowo mało znany w życiu Prymasa, a szkoda, bo to lata ważne dla dalszego życia ks. Wyszyńskiego. „Ten okres bardzo zapisał się w pamięci Prymasa. Po latach mówił, że Powstanie Warszawskie go ukształtowało. Myślę, że to był dla niego niezwykle ważny okres. Ks. Wyszyński, widząc gehennę młodych Polaków, uważał, że nie może stać się nic gorszego, dlatego stosunkowo »łatwo« przeżył trzy lata odosobnienia, kiedy komuniści odsunęli go od pełnienia wszystkich funkcji kościelnych. Ten okres bardzo go zahartował” – zaznaczył zastępca dyrektora Muzeum Jana Pawła II i Prymasa Wyszyńskiego.

Jak dodał Grzegorz Polak, „z drugiej strony Prymas miał świadomość wielkiej odpowiedzialności za Polaków, zwłaszcza za młodych. Widział, jak oni dawali daninę krwi. Podczas spotkania z jednym z dygnitarzy partyjnych powiedział, że nie darowałby sobie, gdyby z jego powodu zginął chociaż jeden polski chłopiec. To powstanie cały czas w nim tkwiło. Miał świadomość zagrożenia wynikającego z naszego położenia geopolitycznego. Prymas zawsze zachowywał zdrowy rozsądek, pewną ostrożność, żeby nie drażnić naszego sąsiada ze Wschodu”.

W numerze 6/2020 „Biuletynu IPN” dr Marek Jedynak w swoim artykule „Prymas Stefan Wyszyński i jego związki z Armią Krajową” zaznaczył, że po wojnie Prymas Wyszyński nie wyzbył się sympatii do środowisk poakowskich. Przykładowo w 1975 r. miał okazję wystosować list pasterski do uczestników pielgrzymki środowisk niepodległościowych na Jasną Górę.

Uroczystości o podobnym charakterze odbywały się także w kolejnych latach. W 1976 r. Prymas Wyszyński i m.in. kard. Wojtyła, a przede wszystkim papież Paweł VI zostali odznaczeni medalami „Pro Fide et Patria” (Za Wiarę i Ojczyznę). Było to odznaczenie ustanowione przez najstarszych żyjących dowódców Wojska Polskiego II RP.

Na bazie powyższych faktów można powiedzieć, że mało znany w życiu kard. Wyszyńskiego okres wojenny był dla niego czasem bardzo ważnym. Prawdopodobnie wojenne doświadczenia w dużej mierze ukształtowały w przyszłym Prymasie wiele cech, które okazały się bezcenne dla jego postawy w późniejszym przewodzeniu polskiemu Kościołowi czasów PRL-u.