Komunistyczny sąd w Krakowie 13 sierpnia 1949 r. skazał go wraz z trzema innymi członkami PPAN na karę śmierci. Wyrok wykonano 14 września 1949 r. Ks. Gurgacz zginął od dwukrotnego strzału w potylicę. Doczesne szczątki skazańców spoczęły w nieoznakowanych grobach na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. 3 grudnia 2019 r. Prezes Instytutu Pamięci Narodowej dr Jarosław Szarek przekazał informację o zidentyfikowaniu znalezionych na cmentarzu Rakowickim doczesnych szczątków ks. Władysława Gurgacza.

Świadectwem duchowości ks. Gurgacza pozostają odnalezione w 2011 r. w archiwum oo. Jezuitów w Warszawie rękopisy jego notatek duchowych z lat 1931 – 1947. Zostały one opublikowane przez Instytut Pamięci Narodowej oraz opracowane przez Marię Chodyko we współpracy z o. Krzysztofem Doroszem SJ. W książce zamieszczono także dwa teksty. W pierwszym o. Dariusz Kowalczyk SJ ukazał sylwetkę duchową ks. Gurgacza, wskazując na to, „że to nie walka z komunizmem była głównym motywem jego decyzji przystąpienia do żołnierzy powojennego podziemia. Jezuita szukał przede wszystkim Bożej woli i dobra dusz”. Autor ten stwierdził też, że „to lektura, którą z pożytkiem może wziąć do ręki każdy wierzący’. W drugim Filip Musiał, dyrektor IPN Oddziału w Krakowie, ukazał drogę życiową ks. Gurgacza, uwypuklając jego służbę w szeregach PPAN, podejmowane przeciwko niemu działania komunistycznej bezpieki oraz sądownictwa.